Im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts trat das Deutsche Reich in den „Wettlauf um Afrika“ ein. Eine Welle der Kolonialbegeisterung ging auch durch das christliche Deutschland. In diesem Zusammenhang rückte die Mission in den Blickpunkt der Öffentlichkeit. Sie musste sich im Spannungsfeld von missionarischer Sendung und kolonialpolitischer Indienstnahme ihren Weg suchen. Besonders umstritten war die „Deutsch-Ostafrikanische Missionsgesellschaft“, die 1886 in Berlin gegründet worden war. Treibende Kraft war dabei der Kolonialabenteurer Carl Peters, der sich mit Betrug und Gewalt ein eigenes Kolonialreich in Ostafrika geschaffen hatte, das 1885 in ein deutsches Schutzgebiet umgewandelt worden war. Dementsprechend war das neue Missionswerk eng mit der organisierten Kolonialbewegung verflochten. Die älteren Missionsgesellschaften hielten Abstand. Auch in den eigenen Reihen stieß Peters mit dem Versuch, die neue Missionsgesellschaft für die Zwecke seiner Deutsch-Ostafrikanischen Gesellschaft auszunutzen, auf Widerspruch. Die Spannungen entluden sich 1887 in einem offenen Konflikt, der Peters zwang, aus dem Präsidium auszuscheiden.

Die umgegründete Gesellschaft erhielt den Namen „Evangelische Missionsgesellschaft für Deutsch-Ostafrika“ (EMDOA). In den ersten Jahren kümmerte die Gesellschaft vor sich hin. Vor allem fehlte es an Missionaren. So wandte sich der Vorstand im März 1890 mit der Bitte um Personal an Friedrich v. Bodelschwingh. Dieser sagte spontan seine Hilfe zu. Die äußere Mission war seine alte Liebe. Als junger Mann hatte er als Missionar der Basler Mission nach Indien gehen wollen.