Friedrich v. Bodelschwingh hielt es für legitim, wenn neben einfachen Schriften auch Bücher „in Gold, Sammet und Seide in die Welt hinauszögen“, d.h. in hochwertiger Aufmachung zu einem angemessenen Preis angeboten wurden. Der Dankort-Leiter Heienbrok hielt es dagegen für unangemessen, z.B. von Spendern beim Buchkauf einen durchkalkulierten Preis zu verlangen. Zudem kritisierte er den Vertrieb über den Buchhandel, der sich über Rabatte der Verlage finanzierte und folglich kein Interesse am Verkauf billigerer Druckerzeugnisse hatte. Heienbrok fürchtete auch, der Buchverkauf könnte den Spendeneingang beeinträchtigen. Solange Bodelschwingh lebte und der Verlag gute Einnahmen erzielte, konnte Heienbrok dies nicht ändern. Nach dem 1. Weltkrieg und der Inflationszeit veränderte sich die Situation jedoch und Heienbrok setzte durch, dass Buchhandlung und Verlag 1924 unter neuer Leitung dem Dankort zugeordnet wurden.
Der neue Leiter, ein Missionar ohne Erfahrung in der Verlagsarbeit, ging dazu über, jetzt nur noch unter der nicht im Börsenverein eingetragenen Bezeichnung „Schriftenniederlage“ zu veröffentlichen. Damit war er frei in der Preisgestaltung, allerdings entfielen die Vertriebswege über den Buchhandel. Erst als Heienbrok 1926 in den Ruhestand ging, gab es wieder mehr Veröffentlichungen durch den Verlag. Da die Preise für die Verlagsartikel jedoch meist willkürlich festgelegt waren und unter den Herstellungskosten lagen, schrieben Buchhandlung und Verlag rote Zahlen. Bethel entschied deshalb, die Leitung beider Bereiche ab 1936 in die Hände eines verlagserfahrenen Buchhändlers zu legen und wieder aus dem Dankort auszugliedern.
Erst seit 1995 gehört der Verlag erneut zum Dankort, während die Buchhandlung heute als Betrieb geführt wird. Der Verlag gilt nun als PR-Instrument der Einrichtung, das die Aufgabe hat, wichtige Bethel-Themen zu publizieren, Fachbeiträge zu veröffentlichen und die Bethel-Geschichte zu pflegen: Aktivitäten, die oft auch in Zusammenarbeit mit anderen Verlagen realisiert werden. 2008 feierte der Bethel-Verlag seinen 100. Geburtstag.